La provincia situada en el noroeste argentino, desarrollada en un relieve predominantemente montañoso. Aumenta progresivamente la altura de este a oeste, siendo la zona sudeste la más baja, en coincidencia con el valle del río San Francisco.

Jujuy posee numerosas lagunas, en general de mediano porte, a lo largo de su territorio. Las características geográficas de la provincia hacen que éstas se extiendan tanto en la zona de los valles cuanto en las áridas regiones de la puna.

En el Departamento Santa Bárbara, a caballo entre la zona de yungas y la región del chaco se encuentran las lagunas de la Brea, San Miguel, Agua Caliente y Totorillá, rodeadas de una vegetación exuberante.

A 16 kilómetros de la localidad de Caimancito, en el Departamento Ledesma, se encuentran las termas de Aguas Calientes, también conocidas como las termas de Caimancito, con una temperatura de alrededor de 53 grados.

En el Departamento Dr Manuel Belgrano, en la zona de los valles, se encuentran en las montañas que delimitan la zona con una porción de las yungas, las Lagunas de Yala, ubicadas a más de 2000 msnm; son en total 6 lagunas llamadas de Alizar, Noques, del Comedero, Desaguadero, Larga y Rodeo. Esta última es una reserva provincial y cuenta con una vieja hostería, hoy casa de guarabosques. La adecuada temperatura y claridad de las aguas hace que algunas de estas lagunas hayan sido cerradas al público y se dediquen a la cría del Pejerrey y la Trucha.

En esta región se encuentran también aguas termales, sobre las que se ha erigido el complejo de Termas de Reyes.

La región de la Puna es la que contiene las lagunas más extensas y particulares, toda vez que estas se dan a altísima altitud rodeadas de desierto, algunas incluso de salinas.

La laguna de Guayatayoc se ubica en medio de las Salinas Grandes y tiene una gran variación anual, llegando su máxima extensión a 240 kilómetros cuadrados. Para estas fechas la laguna se colma de distintas epecies de aves, entre las que puede ubicarse las guayatas (ganso salvaje que da nombre a la laguna) y flamencos rosados.

Otra de las lagunas de la región, es la llamada Runtuyoc, ubicada al pie del cerro entre las localidades de Abra Pampa y El Puesto del Marques, con alrededor de 6 kilómetros cuadrados tiene una colonia permanente de aves.

Dos de las lagunas de la Puna se encuentran entre los Sitios Ramsar en Argentina, estas son la Laguna de Pozuelos y la Laguna de Vilama.

Pozuelos, nombrada Reserva de la Biosfera por la UNESCO, monumento natural y sitio Ramstar, es uno de los enclaves de aves acuáticas más importantes en la región andina del NOA, llegándose a registrar hasta 26.000 flamencos de especies autócnonas en sus inmediaciones. Su estensión promedia los 200 Km2.

Situadas a 4500 msnm las lagunas de Vilama, también sitio Ramsar, ubicadas en las inmediaciones de los andes son de difícil acceso. En su ecoambiente se encuentran variadas especies de aves, vicuñas y chincillas. La Zona comprende 11 lagunas medianas, entre ellas la Laguna de Vilama (la mayor), la de Palar, Catal, Arenal, Pululos y una centena de pequeños espejos de agua.

La región de la Quebrada de Humahuaca cuenta, entre las semidesérticas y coloridas montañas que delimitan la zona, con las lagunas de Leandro, laguna blanca y la laguna de Volcán, todas ubicadas a importantes alturas, lo que hace necesaria una larga caminata para acceder a ellas. Pese al aislamiento de estas lagunas en algunas de ellas puede encontrarse la llamada trucha arco iris.

Entre los atractivos turísticos de la provincia se encuentra la Quebrada de Humahuaca, la que se destaca por su belleza paisajística y su rico patrimonio cultural. También resulta interesante recorrer la zona de Yunga y de la Puna, con paisajes totalmente diferentes que van de la selva exuberante a un territorio desolado. En la Yunga se encuentra el Parque Nacional Calilegua, en el ámbito puneño se encuentra la Reserva Natural Nacional Laguna de Pozuelos, y la Reserva Provincial de la Laguna Guayatayoc.

La Quebrada de Humahuaca fue declarada en el año 2003 "Patrimonio Natural y Cultural de la Humanidad por la UNESCO.